El principal acervo científico del Dpto. de Botánica de la División Historia Natural está constituido por los herbarios. Para una mejor comprensión de su importancia y su valoración se pueden dividir en dos grandes grupos: Los herbarios que contienen las plantas superiores o vasculares y los que están constituidos por las plantas inferiores o criptógamas. En total son unas 80.000 plantas y más de un centenar de ejemplares-tipo.
Los herbarios del primer grupo reúnen aproximadamente 70.000 ejemplares en su mayoría de Uruguay. El Herbario General (foto) resulta principalmente de la fusión de tres colecciones:
Colección Arechavaleta: Reunida por dicho investigador desde 1862 hasta su muerte en 1912 siendo la primer colección de importancia hecha en Uruguay. En la misma están incluídas las colectas hechas por quien fuera su maestro el francés Ernesto Gibert así como las de Arsène Isabelle fechadas en 1837. Esta última colección que efectuara este naturalista, viajero y diplomático son las colectas más antiguas existentes en nuestro Museo.
Colección Osten: Donadas por este investigador alemán e incorporadas al Museo el 31 de Abril de 1937. Suman en total 20.000 ejemplares, muchos de los cuales fueron estudiados por afamados especialistas europeos. En este herbario se encuentra una pequeña pero muy valiosa colección de plantas de Misiones, Argentina, recogidas por el renombrado escritor uruguayo Horacio Quiroga en 1914.
Colección Legrand: Comprende casi exclusivamente plantas de Uruguay y fué incorporada al Museo en Enero de 1940, dicho investigador continuó incrementando la misma hasta su fallecimiento en 1982.
Además del Herbario General existen dos colecciones de singular importancia: a) La colección de la familia Myrtacea, grupo en el que Diego Legrand fuera una autoridad reconocida internacionalmente y que comprende 3000 ejemplares de Uruguay, Argentina y Brasil perfectamente acondicionados y otros 1500 que deberán integrarse a dicho herbario en un futuro cercano. b) Otra colección que se mantiene separada del Herbario General es la de helechos preparada por el mundialmente reconocido especialista Prof. E. Rosenstock que comprende 550 especies procedentes de Brasil, Africa y Malasia.
Los Herbarios de Criptógamas comprenden un total cercano a los 10.000 ejemplares reunidos en cuatro herbarios con las colecciones de algas, hongos, líquenes y musgos.
Herbario de Algas: Agrupa especies procedentes de habitat marinos (oceánicos y platenses) destacándose 300 ejemplares colectados en las costas de Rocha entre las que tenemos la llamada "lechuga de mar" (foto) con las que se confeccionan platos regionales y las algas rojas productoras de agar-agar de gran importancia en diveras industrias: médicas, alimentarias, etc. Merece una cita especial una colección de 1500 algas de agua dulce reunida por los especialistas Wittrock y Nordstedt con numerosas especies de Uruguay colectadas por J. Arechavaleta.
Herbario de Hongos: Este grupo en los últimos años ha despertado gran interés sobre todo en aquellos grupos que atacan la madera. Se ha formado un herbario de 500 ejemplares de especies que tienen importancia en la industria de la madera y en los emprendimientos forestales que se llevan a cabo actualmente.
Herbario de Líquenes: El mismo consta de cerca de 1000 ejemplares que se han incorporado en los últimos 30 años. Se trata de colecciones fundamentalmente de Uruguay y regiones vecinas de Argentina y Brasil. Merecen destacarse los 50 ejemplares que colectara J. Arechavaleta entre 1885 y 1887 que fueran estudiadas por el especialista suizo J. Müller Argoviensis y publicados en Francia en 1888.
El herbario alberga numerosas muestras de la especie conocida como "Yerba de la Piedra" que es muy usada por nuestra gente de campo con fines medicinales. Esta especie fué colectada por primera vez en Uruguay por el naturalista Charles Darwin en el Cerro de Montevideo.
Herbario de Musgos: Es un grupo que ha recibido muy poca atención en nuestro país. Existe una pequeña colección efectuada por Ernesto Gibert entre 1860 y 1870. Contenidos en un grueso volúmen están reunidos por L. O. Sillén 300 especies de musgos escandinavos que fueron donados en Enero de 1887 por el Prof. Samuel Blixen al entonces Director del Museo Nacional Prof. J. Arechavaleta.
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