Se publican desde 1894, e incluyen trabajos de investigación en todas las áreas de las Ciencias Naturales.
Volumen 1
Berg, C. (1894). Descripciones de algunos hemípteros heterópteros nuevos o poco conocidos.
Arechavaleta, José. (1894). Las gramíneas uruguayas. parte 1 parte 2 parte 3 parte 4 parte 5 parte 6 parte 7 parte 8 parte 9 parte 10 parte 11 parte 12
Figueira, José H. (1894). Contribución a la fauna uruguaya. Enumeración de mamíferos.
Arechavaleta, José (1895). Museo Nacional de Montevideo. Reglamento.
Volumen 2
Curci, V. (1896). Estudio sobre un nuevo fermento butyrico. parte 1 parte 2
Berro, Mariano B. (1899). La vegetación uruguaya. Plantas que se hacen distinguir por alguna propiedad útil o perjudicial. parte 1 parte 2 parte 3
Arechavaleta, J. (1899). Contribución al conocimiento de la Flora Uruguaya.
Formica Corsi, A. (1900-1901). Moluscos de la República Oriental del Uruguay parte 1 parte 2 parte 3 parte 4 parte 5.
Volumen 3
Arechavaleta, José (1898-1901). Flora Uruguaya. parte 1 parte 2 parte 3 parte 4 parte 5 parte 6 parte 7 parte 8 parte 9 parte 10 parte 11
Volumen 4
¿Arechavaleta, José.? (1902). Notas sobre la obra de Pritzel: Thesaurus Literaturae Botanicae.
Spegazzini, C. (1901). Stipeae platenses. parte 1 parte 2 parte 3 parte 4 parte 5
Volumen 5
Arechavaleta, José (1903-1906). Flora Uruguaya volumen 2. Enumeración y descripción breve de las plantas conocidas hasta hoy y de algunas nuevas que nacen espontáneamente y viven en la República Oriental del Uruguay parte 1 parte 2 parte 3 parte 4 parte 5 parte 6 parte 7 parte 8 parte 9
Volumen 6
Arechavaleta, José (1906). Flora Uruguaya volumen 3 Enumeración y descripción breve de las plantas conocidas hasta hoy y de algunas nuevas que nacen espontáneamente y viven en la República Oriental del Uruguay. parte 1 parte 2 parte 3 parte 4 parte 5 parte 6 parte 7 parte 8 parte 9 parte 10 parte 11
Volumen 7 (volumen inconcluso por fallecimiento del autor)
Arechavaleta, José (1909-1911). Flora Uruguaya. Enumeración y descripción breve de las plantas conocidas hasta hoy y de algunas nuevas que nacen espontáneamente y viven en la República Oriental del Uruguay. parte 1 parte 2 parte 3 parte 4 parte 5 parte 6
Anales del Museo Nacional de Montevideo. Sección Histórico-Filosófica
Azara, Félix de (1904). Geografía física y esférica de las Provincias del Paraguay, y Misiones Guaraníes. Edición y Prólogo de R. R. Schuller. parte 1 parte 2 parte 3 parte 4 parte 5 parte 6 parte 7 parte 8 parte 9 parte 10 parte 11 parte 12 parte 13 parte 14
Schuller, R. R. (1905). Primera contribución al estudio de la Cartografía Americana. parte 1 parte 2
Anales del Museo de Historia Natural de Montevideo (Segunda serie)
Volumen 1
Arechavaleta, José (1904). Nueva contribución al conocimiento de la flora del Uruguay.
Arechavaleta, José (1905). Esclarecimiento sobre algunas cactáceas.
Arechavaleta, José ; Herter, Guillermo (1911). Vegetación uruguaya. Varias especies nuevas.
Devincenzi, Garibaldi J. (1920). Extracto de las Memorias Anuales.
Devincenzi, Garibaldi J. (1924). Peces del Uruguay, II. parte 1 parte 2 parte 3 parte 4
Herter, Guillermo ; Osten, Cornelio (1925). Plantae uruguayenses. parte 1 parte 2
Volumen 2
Devincenzi, Garibaldi J (1925). Fauna erpetológica del Uruguay.
Devincenzi, Garibaldi J. (1925). Notas ornitológicas. Observaciones sobre una colección de nidos.
Osten, Cornelio ; Herter, G. (1925). Plantae uruguayenses. 2-3.
Devincenzi, Garibaldi J. (1926). Aves del Uruguay. Catálogo descriptivo. parte 1 parte 2
Devincenzi, Garibaldi J. (1926). Peces del Uruguay. Notas complementarias.
Devincenzi, Garibaldi J. ; L. P. Barattini. (1926). Album Ictiológico del Uruguay, I.
Devincenzi, Garibaldi J. (1927). Aves del Uruguay, II. parte 1 parte 2
[Devincenzi, GGaribaldi. J.]. (1927). Notas paleontólogicas.
Devincenzi, Garibaldi. J. (1928). Aves del Uruguay, III. parte 1 parte 2
Herter, Guillermo. (1928). Los dibujos de plantas de don Dámaso A. Larrañaga.
Vogelsang, E. G. (1928). El primer ensayo de parasitología platense. Los parásitos de Larrañaga.
Devincenzi, Garibaldi J. & L. P. Barattini. (1928). Album Ictiológico del Uruguay, II.
Volumen 3
Estable, C. (1929). Observaciones sobre algunos insectos del Uruguay. parte 1 parte 2
Cordero, E. H. (1929). Contribución al estudio de los dípteros del Uruguay, I.
[Devincenzi, G. J.]. (1932). El paleontólogo Lucas Kraglievich. Sus trabajos en el Uruguay.
Kraglievich, L. (1932). Nuevos apuntes para la geología y paleontología uruguayas. parte 1 parte 2
Kraglievich, L. (1932). Contribución al conocimiento de los ciervos fósiles del Uruguay. parte 1 parte 2 parte 3
Volumen 4
Alvarez, T. (1933). Observaciones biológicas sobre las aves del Uruguay.
Devincenzi, G. J. (1933). La perpetuación de la especie en los peces sudamericanos.
Devincenzi, G. J. (1933). Peces del Uruguay. Notas complementarias, II.
Rusconi, C. (1934). Observaciones geológicas y nuevos restos de mamíferos fósiles del Uruguay.
Walther, K. (1935). La estructura geológica de los alrededores de Montevideo.
Devincenzi, G. J. (1935). Mamíferos del Uruguay. Parte 1 Parte 2 Parte 3
Devincenzi, G. J. (1939). Peces del Uruguay. Notas complementarias, III.
Devincenzi, G. J. (1939). Notas ictiológicas sobre peces de la región Patagónica.
Pereira Fonseca, T. (1939). Argulus vierai n. sp., parásito de Cnesterodon decemmaculatus (Jenyns).
(16). Mazzoni, R. F. (1937). Sobre hallazgos de supuestas piezas indígenas en los paraderos de José Ignacio y puntas del Chileno (Departamento de Maldonado).
Volumen 5
Osten, C. (1941). Notas sobre Cactáceas. parte 1 parte 2 parte 3 parte 4
Schweizer, F. & R. G. Webster Kay. (1941). Lepidópteros del Uruguay, I-II.
Devincenzi, G. J. & G. W. Teague. (1942). Ictiofauna del río Uruguay Medio. parte 1 parte 2 parte 3
Devincenzi, G. J. & D. Legrand. (1936-1940). Album ictiológico del Uruguay, 3a. y 4a. series.
Volumen 6
Buen, F. de (1953). La oceanografía frente a las costas del Uruguay.
Bernasconi, A. (1953). Monografía de los equinoideos argentinos. parte 1 parte 2 parte 3
Castellanos, A. (1954). Determinación de las especies de Stromaphoropsis Kragl.
Acosta y Lara, E. F. (1955). Los chaná-timbúes en la antigua Banda Oriental.
Legrand, C. D. (1959). Comunidades psamófilas de la región de Carrasco (Uruguay). parte 1 parte 2
Volumen 7
Legrand, C. D. (1962). Las especies americanas de Portulaca. parte 1 parte 2
Ximénez, A., A. Langguth & R. Praderi. (1972). Lista sistemática de los mamíferos del Uruguay.
Anales del Museo Nacional de Historia Natural
1. Blixen, O. (1992). Los mitos sudamericanos sobre el origen del fuego. Pp. 5-41.
2. Osorio, H. S. (1992). Contribución a la flora liquénica del Uruguay. XXV. Pp. 43-70
3. Mones, A. & M. E. Philippi. (1992). Bibliografía mastozoológica anotada del Uruguay. Pp. 71-161.
4. Klappenbach, M. A. & J. A. Langone. (1992). Lista sistemática y sinonímica de los anfibios del Uruguay. Pp. 163-222.
Volumen 9
Mones, A. & M. A. Klappenbach. (1997). Un ilustrado aragonés en el virreinato del Río de la Plata: Félix de Azara (1742-1821). Estudios sobre su vida, su obra y su pensamiento. Pp. 1-231.
Volumen 10
1. Mones, A. (2003). Diversidad de la biota uruguaya. Introducción. Pp. 1-8.
2. Capocasale, R. M. (2003). Diversidad de la biota uruguaya. Opiliones. Pp. 1-8.
3. Langone, J. A. (2003). Diversidad de la biota uruguaya. Amphibia. Pp. 1-12.
4. Mones, A., J. González, R. Praderi & M. Clara. (2003). Diversidad de la biota uruguaya. Mammalia. Pp. 1-28.
5. Capocasale, R. M. & A. Pereira. (2003). Diversidad de la biota uruguaya. Araneae. Pp. 1-32.
6. Claramunt, S. & J. Cuello. (2004). Diversidad de la biota uruguaya. Aves. Pp. 1-76.