El personal científico del museo desarrolla investigaciones en las siguientes áreas:

• Botánica: Biodiversidad de la flora liquénica de Uruguay, Argentina y Brasil; Estudios sobre hongos que atacan la madera; Fanerógamas del Uruguay; Plantas medicinales del Uruguay.

• Historia de la Ciencia: Historia del Museo Nacional de Historia Natural de Montevideo; Historia de la botánica en el Uruguay; Expediciones científicas de los siglos XVIII y XIX en la región del Río de la Plata; Biografías de científicos en el Uruguay; Historia de la paleontología de vertebrados en América del Sur.

• Paleontología: Catálogo sistemático de los vertebrados fósiles de América del Sur; Sistemática y bioestratigrafía de los vertebrados fósiles del Uruguay; Bibliografía geológica y paleontológica del Uruguay; Revisión de la familia Dinomyidae.

• Zoología: Malacología y Zoología Invertebrados:Taxonomía, faunística y ecología de invertebrados bentónicos (énfasis en Uruguay) Taxonomía y faunística de gasterópodos terrestres (énfasis en Uruguay); Entomología: Diversidad de Araneomorphae (Araneae) y Opiliones del Uruguay; Ictiología: Diversidad de los peces de agua dulce de Uruguay: Sistemática, Biogeografía y Conservación; Herpetología: Estudios sobre anfibios y reptiles de Uruguay, Brasil y Argentina; Ornitología: Biología y sistemática de las aves uruguayas; Mastozoología: sistemática, ecología, distribución, historia natural y conservación de murciélagos, roedores, marsupiales, carnívoros y cetáceos de Uruguay y la región. Mamíferos (y otros vertebrados) y áreas protegidas.