Cuenta con un Herbario de aproximadamente 80.000 plantas, principalmente fanerógamas, en su mayoría procedentes del Uruguay. Entre ellas se destacan los importantes Herbarios de Arechavaleta, Osten, y Legrand. Son de destacar las colecciones de gramíneas, mirtáceas, portulacas y cactáceas.

Integrada casi exclusivamente con vertebrados fósiles del Mesozoico y Cenozoico uruguayo, la colección se inicia con los fósiles de la colección privada de Larrañaga y los colectados por Vilardebó y Bernardo P. Berro en 1837. Lamentablemente ninguno de estos materiales originales se ha conservado.

Subdivididas por grupos zoológicos, se destacan por su representatividad las colecciones de arácnidos, de peces, de moluscos, de anfibios, de aves, de mamíferos, de reptiles, etc.