La Sala de Zoología mostraba numerosos ejemplos de la fauna actual, tanto del Uruguay como exótica.

La exhibición comenzaba con una retrospectiva de elementos de la vieja exposición del Museo, así como algunos antiguos instrumentos de microscopía.

Ascendiendo en la escala zoológica, siguen las vitrinas destinadas a los invertebrados, con interesantes ejemplares de esponjas antárticas, estrellas de mar, moluscos y artrópodos.

Entre los vertebrados se destacaba un enorme ejemplar de pez luna (Mola mola), que, cuando capturado en aguas uruguayas del Océano Atlántico, pesó 437 kg.

A este ejemplar lo acompañan otros representantes de la fauna ictícola uruguaya, anfibios y reptiles, aves y mamíferos.

Algunos de los ejemplares que se exhibían son especies protegidas, que se encuentran amenazadas o en peligro de extinción, como un ejemplar de yacaré negro (Melanosuchus niger) de la Amazonia brasileña.

Un quetzal de Guatemala (Pharomachrus mocinno), un kiwi de Nueva Zelanda (Apteryx australis, foto), o un oso hormiguero grande (Myrmecophaga tridactyla) sudamericano.

Kiwi de Nueva Zelanda (Apteryx australis).