Desarrollo de colecciones: generar y conservar colecciones de objetos, animales, plantas, minerales, rocas, sonidos, imágenes, tejidos y otras fuentes de información científica sobre el mundo que nos rodea es un objetivo en sí mismo de los museos de Historia Natural. Las colecciones tienen infinidad de aplicaciones económicas, sociales y científicas.

Tesoros naturales: las colecciones.

El Departamento de Botánica cuenta con un herbario de aproximadamente 80.000 plantas, en su mayoría procedentes de Uruguay. Las colecciones de gramíneas son de particular importancia por su potencial aplicación agronómica. Son también destacables las de mirtáceas, portulacas, líquenes, hongos, cactus y tunas.

El Departamento de Zoología gestiona las colecciones por grupos zoológicos: mamíferos, aves, reptiles, anfibios, peces, moluscos, insectos y otros invertebrados. Muchas de estas colecciones tienen su información completamente informatizada y otras se encuentran en proceso para uniformizar su estructura de acuerdo a estándares internacionales para colecciones biológicas.

El Departamento de Paleontología ha desarrollado colecciones integradas casi exclusivamente por vertebrados fósiles del Mesozoico y Cenozoico uruguayos. Entre sus piezas más destacadas se encuentra el roedor fósil más grande del mundo, descubierto en 2008 y que tuvo una repercusión científica y mediática a nivel mundial.