La mudanza del Museo en el año 2000 de su histórica sede del ala oeste del Teatro Solís, tuvo como consecuencia el cierre temporario de todas sus Salas de Exposición al público.

Como consecuencia de la mudanza del Museo, estas piezas se encuentran en calidad de préstamo por un período de dos años en el Museo de Historia del Arte (Intendencia Municipal de Montevideo).

Aquí se exhibían restos de esqueletos de mamíferos fósiles, así como otros representantes de diferentes períodos geológicos del Uruguay que van desde vértebras de un reptil Pérmico (Mesosaurus, ca. 270 millones de años, MA), hasta braquiópodos del Devónico (390 MA) y restos de dinosaurios etc

La Sala de Zoología mostraba numerosos ejemplos de la fauna actual, tanto del Uruguay como exótica.