La Colección de Arqueología está integrada por un conjunto de colecciones provenientes de donaciones particulares y de proyectos de investigaciones arqueológicas.

La mayoría provienen del territorio uruguayo, aunque existen algunos ejemplos del extranjero.

Se estima que el número de testimonios arqueológicos, contabilizando piezas y fragmentos, asciende a medio millón de unidades.

En el año 2010 se comenzó a implementar un proyecto de digitalización de las colecciones que permitirá una mejor gestión asegurando una mayor accesibilidad para la ciudadanía.

A continuación se detalla el listado de las colecciones que integran el acervo arqueológico del Museo:

Donación fundacional del Museo Nacional de Antropología

• Oliveras, Francisco
   

Donaciones de pioneros y pioneras de la arqueología

• Bonino de Langguth, Violeta
• Clavelli de Oliveras, Bell
• Cordero, Serafín
• de Freitas, Carlos (ex – Colección Museo Nacional de Historia Natural)
• Figueira, José Henríques (ex – Colección Museo Nacional de Historia Natural)
• Fontana Company, Mario
• Lezama, Arturo
• Quadros, Antonio
• Rodriguez Badetto, Francisco
• Schulkin, Carlos
   

Ingresos por investigaciones propias del Museo, de otros investigadores y de instituciones científicas

• Comisión Nacional de Arqueología
• CRALM (Comisión de Rescate Arqueológico de la Cuenca Laguna Merin)
• Facultad de Humanidades y Ciencias
• Florines, Andrés
• Misión de rescate arqueológica de Salto Grande
• Museo Nacional de Historia Natural
• Presidencia de la República
• Proyecto Montevideo
• Proyecto ocupaciones prehistóricas del sureste de Canelones
• Suarez, Rafael
• Toscano, Arturo

Últimas donaciones recibidas

• Alfonso Machado
• Jorge Baeza
• Jorge Vegh y Joaquín Astiazarán
• María Vera Machado de Claret
   

Pequeñas donaciones de vecinos, docentes, profesionales y aficionados

• Bujater, Alba
• Cabrera, Carlos Ma.
• Calvin, Héctor
• Castellucci, Wellington
• Chaves, Ángela
• Ferraro, Edmundo Felipe
• Fuller, Howard
• Gaggiano, Walter
• Goessens, Enrique
• Gomez, Eduardo
• Imperatore
• Katzenstein, Javier
• Leoz, Leandro
• Morales, Julio Carlos
• Perdomo, Ataides
• Reyes, Adriano
• Salinas, Nelly