El Museo cuenta con dos salas expositivas en su nueva sede de la ex-cárcel de Miguelete (Miguelete 1825). El disparador del relato consiste en una escultura de titanosaurio (dinosaurio herbívoro que habitó nuestro territorio hace unos 70 millones de años).

La primera sala trata sobre "nuestro pasado" y muestra a través de registros fósiles encontrados en territorio uruguayo el curso de la evolución biológica en "nuestro país". Conocer el pasado es un ejercicio fundamental para entender el presente y proyectar el futuro.

"Nuestro presente" contiene una representación de los ecosistemas que existen en nuestro país, ilustrados con especímenes característicos de su flora y fauna. Conocer la diversidad biológica es esencial para la conservación de nuestros ecosistemas y recursos naturales.