El Museo cuenta con dos salas expositivas en su nueva sede de la ex-cárcel de Miguelete (Miguelete 1825). El disparador del relato consiste en una escultura de titanosaurio (dinosaurio herbívoro que habitó nuestro territorio hace unos 70 millones de años).

La primera sala trata sobre "nuestro pasado" y muestra a través de registros fósiles encontrados en territorio uruguayo el curso de la evolución biológica en "nuestro país". Conocer el pasado es un ejercicio fundamental para entender el presente y proyectar el futuro.

"Nuestro presente" contiene una representación de los ecosistemas que existen en nuestro país, ilustrados con especímenes característicos de su flora y fauna. Conocer la diversidad biológica es esencial para la conservación de nuestros ecosistemas y recursos naturales.

Asimismo, el Museo cuenta con un grupo de investigadores, técnicos y colaboradores en permanente contacto con la diversidad biológica a través de las colecciones y el trabajo de campo.

Este contacto enriquece las actividades de educación y/o divulgación, dictadas con datos inéditos, anécdotas y conocimiento directo del tema tratado. La posibilidad de interacción directa entre el educando y el objeto de estudio permite el desarrollo de una educación vivencial, que facilita una apropiación del objeto en el colectivo de la sociedad, favoreciendo su conservación y uso racional.

El objetivo de la propuesta educativa del MNHN es educar y sensibilizar a la población de Uruguay y a los visitantes acerca de la biodiversidad uruguaya, los recursos naturales del país, los efectos del cambio climático y la necesidad de compatibilizar la conservación de la naturaleza con el desarrollo humano.

Es también trasmitir a la población el placer que genera el conocimiento del mundo natural.

Las actividades educativas que el Museo pretende desarrollar incluyen exposiciones (permanentes, temporales e itinerantes), talleres, cursos e intervenciones urbanas.